Ошибка Authentication token manipulation error возникает чаще всего когда файловая система на сервере смонтирована в режиме Read-Only.
Такое бывает при восстановлении пароля в single user mode. Или при выполнении других задач по администрированию.
Основная причина ошибки — смотрированная в Read-Only файловая система. Это происходит из-за параметра ro в конфигурационном файле загрузчика.
Исправить можно отредактировав загрузчик или, что проще наживую перемонтировав корень в режим rw
Последнее достигается выполнением от имени суперпользователя
mount -o remount,rw /
Ошибка Authentication token manipulation error может быть вызвана и другими причинами. Например, неверными правами доступа на /etc/shadow. Но чаще всего причина в параметре ro.